Mission

Liée de près aux activités de recherche de l’unité URGI, la plateforme de bio-informatique propose cinq volets d’activité : 

• l’intégration de données,
• la fédération de données via un portail,
• l’annotation de génome,
• un environnement d’analyse,
• la formation

Elle possède une expertise forte sur le développement d’accès aux données sur les plantes et les champignons ainsi qu’aux annotations des gènes, aux éléments transposables et aux systèmes d'information. La plateforme contribue à la gestion, la publication et la valorisation des données génétique et génomique (forêts et plantes cultivées) des départements BAP et ECODIV en particulier grâce à son système d'information GnpIS.

GnpIS

Depuis 2000, les données de Génoplante sont déposées officiellement sur la plateforme – qui a été intégrée à l’URGI en 2002 – grâce au système d’information GnpIS. Cet outil développe et maintient un système d’information sur la génomique et la génétique des plantes via des projets collaboratifs regroupant biologistes et bio-informaticiens en France, comme à l’international.

Accroître les connaissances scientifiques

Le système d’information centralisé GnpIS a été développé pour consulter, gérer, stocker et analyser ces données via des interfaces intuitives. Il permet d’accroître les connaissances des scientifiques en matière de génomique tout en facilitant l’accès aux données. En effet, il permet une meilleure compréhension de la structure du génome et de ses évolutions, et plus particulièrement, des gènes d’intérêt agronomique comme ceux de la résistance des plantes – telles que le blé, la vigne ou le maïs – à des facteurs biotique et abiotiques. Le spectre est d’ailleurs élargi en 2004 avec les génomes fongiques, puis, plus récemment, grâce aux données sur des insectes (UMR BIO3P), pour arriver aujourd’hui à couvrir la génomique et la génétique des plantes et de ses bioagresseurs.