Johann Confais

Johann Confais

Ingénieur de Recherche (IR) à INRAE

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  • Responsable du service "annotation des génomes" de l'URGI
  • Co-animateur du CATI GREP.
  • Développement logiciel de REPET et PanREPET.
  • Développement de méthodes de prédiction de l'impact des éléments transposables sur leur génome hôte.

Mots clefs : annotation, pangénome, éléments transposables, pipeline

Consortiums :

  • Membre du groupe de travail du réseau de recherche international sur les éléments transposables TEhub
  • Membre du comité d'animation du réseau sur les aspects méthodologiques des analyses pangénomiques Get-A-Pan
  • Membre du Réseau de Recherche sur les Eléments Génétiques Mobiles GDR 3546 Mobil-ET

Projets financés :

  • 2022 : IBiSA
  • 2022-2026 : PLEASURE (ANR, France). Participant
  • 2025-2029 : SATURN (ANR, France). WP leader

Bourses :

Co-encadrement de thèse :

  • Somia Saidi : 2021-2024

Encadrement de CDD/post doc :

  • Mariène Wan : CDD Ingénieur d’Étude 18 mois 2022-2023 => aujourd'hui Ingénieure d’Étude titulaire à l'URGI
  • Etienne Bardet : CDD Ingénieur d’Étude 12 mois (IBiSA grant) 2023-2024
  • Roman Aguay : CDD Ingénieur d'Étude 2025-2026
  • Maulana MugHitz Naji : post doc 24 mois 2025-2027

Encadrement de stage :

  • Mathieu Blaison : Master 2 de Montpellier 2020
  • Pilar Rodriguez : Master 2 d’Evry 2021 => aujourd'hui Ingénieure d’Étude au Muséum National d'Histoire Naturelle.
  • Yanis Toumert : Master 2 de Strasbourg 2021
  • Maëla Sémery : Master 2 de Rennes 2022 => aujourd'hui en thèse dans l'UMR GQE INRAE.
  • Iphigénie Gonnet : Master 2 de Paris cité 2023 => aujourd'hui en thèse à l'Université de Leiden.
  • Roman Aguay : Master 2 de l'Université Clermont Auvergne 2025
  • Patricia Cristina Arakawa Yagi : Master 2 de Sorbonne Université 2025 

Identifiants chercheurs  et réseaux sociaux :